A crítica foi apresentada através de um relatório que incide em 2005/2008 e primeiro semestre deste ano. Neste documento o TC recomenda à ministra da Saúde, Ana Jorge, a introdução de «mecanismos de incentivos ou de penalização» no modelo de gestão que sejam aplicáveis aos responsáveis pela coordenação, execução e acompanhamento a nível nacional, regional e local.
Os auditores defendem ainda que a ministra «deve adoptar um sistema de remunerações dos responsáveis que os premeie ou penalize, em função do respectivo desempenho na execução do programa.»
Segundo o TC, os preços de contratualização para a prestação de cuidados de saúde oral têm resultado de um processo negocial entre a Direcção-Geral de Saúde, a Ordem dos Médicos Dentistas e a Ordem dos Médicos e decididos pelo Ministério da Saúde «sem terem sido suportados em estudos actualizados que revelassem a metodologia rigorosa de cálculo desses preços.»
Concluiu ainda que o modelo de contratualização utilizado entre 2005 e 2008 baseou-se em concursos públicos anuais e contratos realizados por ajuste directo que «não permitiam a execução oportuna do programa» na vertente de aplicação a crianças e jovens, «uma vez que a concretização do procedimento não coincidia com o calendário dos anos lectivos.»
Em 2009, passou a haver o modelo a contratos electrónicos de adesão, tendo sido instituída uma rede aberta a todos os prestadores que reunissem os requisitos necessários, generalizando-se o meio de pagamento através do cheque-dentista.
Entre 2006 e 2008 foram disponibilizados 15 milhões de euros para a contratualização de médicos, dos quais foram utilizados 11,7 milhões, ou seja uma taxa de utilização de 78%. A verba não utilizada permitiria tratar mais de 43.000 crianças e jovens. As principais causas apontadas para este subaproveitamento são «a fraca adesão dos prestadores, o desajustamento da conclusão da contratualização face ao calendário escolar e os desencontros entre a localização da oferta e da procura.»